CD6006 là phiên bản được bổ sung một số linh kiện đặc biệt cùng bo mạch mới so với thế hệ tiền nhiệm CD6005. Marantz đồng thời gia cố phần chân đế cứng chắc hơn, nhằm tối ưu hoá tác dụng chống rung bên cạnh bộ nguồn ngoại cỡ có tác dụng cấp dưỡng cho bo mạch digital và analog.

Mẫu đầu đọc này đồng thời trang bị CS4398 DAC mới, có khả năng xử lý các định dạng nhạc chất lượng cao hơn cả đĩa CD. Sau đó, nguồn tín hiệu được đẩy đến các ngõ ra đồng bộ được mạ vàng nhờ mạch khuếch đại độc quyền Marantz có tên gọi là HDAM–SA2. Ngoài ra, hãng còn tích hợp một remote mới, có thể hiệu chỉnh ampli PM6006.